Địa bàn xã Mạn Lạn trước đây vốn là ba xã: Mạn Lạn, Phương Lĩnh, Vũ Yển.

Xã Vũ Yển có tên tục là làng Ẻn hay phố Ẻn.

Trước khi sáp nhập, xã Mạn Lạn có diện tích 5,54 km², dân số là 3.408 người, mật độ dân số đạt 615 người/km². Xã Phương Lĩnh có diện tích 3,98 km², dân số là 1.728 người, mật độ dân số đạt 434 người/km². Xã Vũ Yển có diện tích 2,64 km², dân số là 2.380 người, mật độ dân số đạt 902 người/km².

Ngày 17 tháng 12 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết 828/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Phú Thọ (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 1 năm 2020)[2]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của hai xã Vũ Yển và Phương Lĩnh vào xã Mạn Lạn.